Após ficar à beira da morte, por ter sido baleado, um desconhecido (Matt Damon) acorda sem memória em uma costa do Mar Mediterrâneo. Ele consegue se recuperar, com a ajuda de um médico aposentado, mas tem como única pista de sua identidade um chip que estava implantado em seu quadril, onde estava gravado o número da conta de um banco de Zurique, na Suíça. No cofre deste banco suíço ele descobre que se chama Jason Bourne e que mora em Paris, mas também acha alguns passaportes falsos (com sua fotografia, mas cada um com um nome diferente), uma arma e uma grande quantia em dinheiro. No entanto logo é perseguido, sem entender por qual razão, e demonstra possuir diversas habilidades em autodefesa e luta, além de saber vários idiomas. Ele oferece US$ 20 mil para Marie Helena Kreutz (Franka Potente), que está dificuldades financeiras, para levá-lo até Paris. Após relutar ela concorda, pois precisa do dinheiro. Mas eles não poderiam imaginar o que o futuro lhes reservava.